본 개시의 기술적 사상에 의한 일 양태에 따른 유전 질병의 후보 유전자 식별 방법은, 질병 네트워크, 질병-유전자 연관정보, 및 유전자 네트워크를 획득하는 단계, 복수의 단일 염기 다형성(SNP) 간의 상관관계 데이터에 기초한 SNP 네트워크, 및 유전자들과 SNP들 간의 상호 관계 데이터를 획득하는 단계, 획득된 질병 네트워크, 질병-유전자 연관정보, 유전자 네트워크, SNP 네트워크, 및 유전자들과 SNP들 간의 상호 관계 데이터에 기초하여, 질병-유전자-SNP 다층 네트워크를 생성하는 단계, 및 생성된 다층 네트워크를 이용하여 유전 질병의 후보 유전자를 식별하는 단계를 포함한다.